高邮市专科学校设有会计金融学院、物流管理学院、中瑞旅游与酒店管理学院、建筑工程学院、信息与智能技术学院、中德机电工程与汽车科技学院、公共管理学院、文化传播与艺术设计学院、学前师范学院、护理学院等10个二级学院。学校以现代服务业类专业为主，相关专业协调发展，开设44个三年制高职专业、11个五年制高职专业、14个中职专业，其中骨干专业3个，中央财政支持重点建设专业2个，省级专业综合改革试点专业3个，省级一流专业2个，省级一流培育专业3个，省级重点建设专业5个，校级一流专业4个，一流培育专业6个，现代学徒制试点专业4个；实训基地2个，中央财政支持重点建设实训基地1个，省级示范性实训基地3个。

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